2005-2006 учебный год.
Август 2005 года. Работает 44 Летняя школа в Академгородке. Директор этой Летней школы профессор, доктор физико-математических наук Копытов Валерий Матвеевич.
В сентябре 2005 году в Академгородке появилась новая улица, которая получила имя одного из основателей ФМШ, большого друга школы члена-корреспондента А.А. Ляпунова. И теперь школа имеет адрес: ул. Ляпунова, 3.
14-17 ноября 2005 года в г. Москве Фаворская Алена (11-6 класс) стала стипендиатом подпрограммы «Одаренные дети» федеральной целевой программы «Дети России» за 2005 год
В январе 2006 года работает 1-й семинар по повышению квалификации для учителей Сибирского Федерального округа.
17-18 февраля в СУНЦ НГУ проводится выездное заседание РАО.
1 апреля 2006 года и.о. директора СУНЦ НГУ назначен доктор физико-математических наук, профессор Николай Иванович Яворский. В июле 2006 года был утверждён в должности Учёным советом НГУ.
Июнь 2006 года. Серебряной медаль получили Н.А.Баженов, К.В.Воронин, В.Ю.Губарев, С.О.Держо, О.О.Дяченко, А.В.Зубков, М.В.Ковалева, М.В.Матвиенко, Э.А.Шишенина, Е.А.Яшкина.
В июне 2006 года команда СУНЦ НГУ во главе с преподавателем СУНЦ НГУ профессором, доктором биологических наук Дымшицом Григорием Моисеевичем успешно выступила на меж-дународном научном форуме ISSF-2006 в г.Пусан (Ю.Корея), где наши ученики были лучшими.