2006-2007 учебный год.
В июле 2006 года состоялась первая Летняя Школа для группы учащихся из Южной Кореи (г.Пусан). Директором этой Летней школы был профессор, кандидат физико-математических наук Марковичев Александр Сергеевич.
Август 2006 года. Работает 45 Летняя школа в Академгородке. Директор этой Летней школы профессор, кандидат физико-математических наук Марковичев Александр Сергеевич.
С 09 октября 2007 по 11 октября 2007 г. в Москве состоялось рабочее совещание руководителей Специализированных учебно-научных центров Московского, Новосибирского, Санкт-Петербургского и Уральского госуниверситетов. Принято решение о необходимости координации и взаимопомощи с целью решения основных задач отбора и обучения одаренных старшеклассников. В завершение работы совещания были приняты Меморандум по итогам и Соглашение о создании Ассоциации.
В декабре 2006 года команда СУНЦ НГУ во II Международном съезде юных математиков IYMC-2006, организованном городской школой Монтессори в городе Лакхнау (Индия) добилась блестящих результатов и завоевала 1-е командное место, а также золотую и бронзовые медали в личных соревнованиях. Состав команды: Кристина Байкалова (11-2 класс), Дмитрий Малюгин (11-1 класс) и Владимир Парфиненко (11-1 класс).
В январе 2007 года работает 2-й семинар по повышению квалификации для учителей Сибирского Федерального округа.
1 февраля в школе состоялась встреча фымышат с выдающимся учёным, лауреатом Нобелевской премии академиком Жоресом Ивановичем Алферовым.
3-5 мая 2007 года. Прошла 1-я всероссийская научно-методическая конференция "Профильное обучение в современной российской школе".
18 мая 2007 года подписано соглашение между южнокорейской «Korean Science Academy» и СУНЦ НГУ о проведении следующей международной летней школы для южнокорейских школьников.
На 41-й Международной Менделеевской олимпиаде школьников по химии в г.Минск, республика Белоруссия, серебряные медали завоевали Головин Виктор (10-1 класс) и Никитин Сергей (10-5 класс).
Июнь 2007 года. На выпускных экзаменах фымышата впервые сдают ЕГЭ по Русскому языку. Из школы выпустилось … человек. Один из них – Чернов Алексей - с золотой медалью, а Агапов Сергей, Дубич Татьяна, Мазурин Дмитрий, Новиков Иван, Парфиненко Владимир, Перфильева Ольга и Филонов Антонов с серебряной медалью.