1963-1964 учебный год.
Август 1963 года. Работает 2-я Летняя школа в Академгородке. Директор этой Летней школы
23 августа вышло постановление Совета Министров СССР об организации специализированных школ-интернатов физико-математического и химико-биологического профиля при Московском, Новосибирском, Ленинградском и Киевском государственных университетах.
30 августа после 2-й Летней Школы в ФМШ было зачислено уже 320 человек.
12 сентября был издан Приказ Министра просвещения РСФСР Е.Афанасенко в котором он поручил Московскому, Новосибирскому, Ленинградскому и Киевскому университетам в месячный срок «разработать и утвердить по согласованию с Советом Министров РСФСР и Советом Министров УкрССР учебные план и программы, Положения о специализированных школах-интернатах и Правила приёма в специализированные школы-интернаты»
В сентябре ФМШ получила новое здание в микрорайоне «Щ» (ныне в этом здании находятся учебные помещения Военного Института (Новосибирское высшее военно-командное училище).
Жизнь стала многогранной и упорядоченной. Развернулось школьное самоуправление. Первым секретарём Комсомольской организации школы был десятиклассник Володя Харитонов.
С 20 января 1964 года директором ФМШ был назначен Николай Николаевич Бондарев.
В июне состоялся первый выпуск ФМШ – два десятых и два одиннадцатых класса – всего 96 человек. Все они одновременно получили аттестаты зрелости и были приняты в НГУ без вступительных экзаменов.
Золотые медалисты - Г.П.Карев и О.Н.Кашинский, серебряные медали у В.Ф.Дмитриева, А.Л.Френкеля, Г.Ш.Фридмана, А.Д.Букина. Из этого выпуска двое – В.В.Пархомчук и Е.А.Кузнецов – ныне являются членами-корреспондентами РАН.
22 июня был опубликован приказ Министра высшего и среднего образования СССР Елютина об утверждении Положения о специализированной школе-интернате и Правил приёма в школу.
Летом 1964 года школу посетил Президент Академии Наук СССР академик М.В.Келдыш
Лучшие классы по итогам соцсоревнования были награждены турпоездками на Телецкое озеро (10-г) и на слёт юных следопытов в г.Курган (10-в, 9-в, 9-г)