Ученица ФМШ помогла ученым ИЦиГ СО РАН получить новые данные о геноме кукурузы
Работа проходила в Институте цитологии и генетики СО РАН в рамках спецкурса по биоинформатике, который уже несколько лет организует для физматшкольников Лаборатория инженерного конструирования СУНЦ НГУ. Куратор проекта – младший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Артём Юрьевич Пронозин.
ДнРНК – это молекулы РНК длиной более 200 пар нуклеотидов, с которых не транслируются белки. МикроРНК – это класс 20–24-нуклеотидных некодирующих регуляторных малых РНК. На сегодняшний день экспериментально доказана вовлеченность днРНК и микроРНК в защитные реакции растений при различных стрессовых условиях.
Идея работы ученицы СУНЦ НГУ состояла в том, чтобы выявить днРНК кукурузы, взаимодействующие с известными микроРНК этого растения. Набор микроРНК был взят из базы данных miRBase. Набор днРНК был получен в ходе анализа 877 транскриптомных библиотек кукурузы. С помощью специальных программ удалось обнаружить порядка 34 днРНК, которые взаимодействуют с известными микроРНК. Некоторые из этих взаимодействий, как показало исследование, влияют на устойчивость кукурузы к засухе.
Таким образом, удалось расширить знания о взаимодействии днРНК и микроРНК. Полученные данные в дальнейшем могут помочь ученым в проведении экспериментальных исследований.
– Нашей задачей было расширить знания и параллельно предложить метод, который в дальнейшем ученые смогут реализовать, чтобы найти, допустим, те же взаимодействия в других организмах. Этот метод направлен не только на кукурузу, не только на растения. Им можно воспользоваться при исследовании животных и даже человека. Что касается самой кукурузы, то обнаруженные взаимодействия после подтверждения данных в ходе экспериментальных исследований можно будет использовать для выведения более устойчивых к засухе растений, – поясняет Артём Юрьевич Пронозин.
Работа Александры Таксановой заняла 2 место на школьной секции МНСК (подсекция «Инженерное конструирование»).
В дальнейшем физматшкольница хотела бы продолжить работу с этим проектом и более подробно изучить полученные днРНК.
– Биоинформатика позволяет сделать работу биологов в лабораториях более эффективной, а также изучить то, что трудно потрогать руками. Фактически это большие данные в биологии: в огромном количестве каких-то последовательностей находить те, что могут быть полезны и применимы в будущем. Меня это очень вдохновляет, – говорит Александра Таксанова.
Фото: vk.com/altair_rc
